Analisis Urutan Asam Amino Daerah Barcode Melitaea didyma (Lepidoptera);Eksplorasi Keragaman Genetik dari GenBank; WFH di Masa Pandemi Covid 19

Abstract

Melitaea didyma is a butterfly that lives in grassland habitats that have sexual dimorphism. Female butterflies are bright orange with brown dotted on their wings both on the dorsal and ventral sides, while males are bright red with brown dotted. These butterflies are widely studied molecularly, because of their diversity in morphologic traits and are considered as species cryptic. This research is an exploratory study, which explores the genetic diversity of Melitaea didyma butterflies through analysis of the diversity of amino acid sequences of animal barcode regions from data available on Genbank. A total of 253 cytochrome amino acid sequences cytochrome C oxidase subunit 1 of the Melitaea butterfly were the alignment step by step according to their origin samples. The results of the alignment then re-aligned to compare and analyze the amino acid diversity with amino acid sequences from different origin samples. The different amino acids are analyzed their position and biochemical properties. The results showed that the amino acid sequence in the Melitaea didyma was less diverse. Of the 219 amino acids compared, only 3% (7 different amino acids). One amino acid is at the NH2 end, two in the internal loop, one in the external loop, and three in the transmembrane section. Amino acids in the internal and external loops are hydrophilic, while amino acids in the transmembrane are hydrophobic. Transmembrane amino acids are in the regions/zones M3, M4, and M5. Phylogenetic tree reconstructed based on 219 amino acid sequences of Melitaea didyma with the p-distance model, showed compatibility with the reconstructed phylogenetic tree using cytochrome C oxidase subunit I gene sequences; COI is an animal barcode sequence.Keywords: Melitaea didyma, amino acid sequence, phylogenetic tree, animal barcode, GenBank Melitaea didyma merupakan kupu-kupu yang hidup pada habitat padang rumput dan tempat dengan tumbuhan berbunga; memiliki dimorfisme seksual; kupu-kupu betina berwarna oranye terang dengan beragam corak berupa burik-burik berwarna coklat pada sebagain besar sayapnya baik pada sisi dorsal maupun pada sisi ventralnya, sedangkan jantan berwarna merah terang dengan burik coklat. Kupu-kupu ini banyak dikaji secara molekuler, karena keberagamannya dan dianggap sebagai suatu spesies yang sedang mengalami perkembangan evolusioner. Penelitian ini merupakan penelitian eksplorasi, yaitu mengesplorasi keragaman genetic kupu-kupu Melitaea didyma melalui analisis keragaman urutan asam amino daerah barcode hewan dari data yang tersedia pada Genbank. Sebanyak 253 sekuen asam amino sitokrom sub unit 1 kupu-kupu Melitaea didyma di aligment secara bertahap sesuai dengan asalnya. Hasil aligment kemudian dialigment lagi untuk membandingkan dan menganalisa keragamanan asam aminonya dengan sekuen asam amino dari tempat yang berbeda. Asam-asam amino berbeda dianalisis posisi dan sifat biokimianya. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sekuen asam amino pada kupu-kupu Melitaea didyma kurang beragam. Dari 219 asam amino yang dibandingkan, hanya 3% (7 asam amino berbeda). Satu asam amino berada pada ujung NH2, 2 pada loop internal, 1 pada loop eksternal, dan 3 pada bagian transmembrane. Asam amino yang berada pada loop internal dan eksternal bersifat hidrofilik, sedangkan asam amino yang berada pada bagian transmembrane bersifat hidrofobis. Asam amino transmembrane berada pada daerah/zona M3, M4 dan M5. Pohon kekerabatan yang direkonstruksi berdasarkan 219 sekuen asam amino Melitaea didyma dengan model p-distance, menunjukkan kesesuaian dengan pohon kekerabatan yang direkonstruksi menggunakan sekuen nukleotida sitokrom oksidase c sub unit I; COI yaitu sekuen barcode hewan.Kata kunci: Melitaea didyma, sekuen asam amino daerah barcode, pohon kekerabatan, barcode hewan, GenBank.

Keywords

• Zoological Sains
• Melitaea didyma
• amino acid sequence
• phylogenetic tree
• animal barcode
• GenBan
• Biologi