Purifikasi dan karakterisasi parvalbumin patin dan gurami: Purification and characterization of catfish and gourami parvalbumin

Abstract

Indonesian

Parvalbumin merupakan protein penyebab utama alergi ikan. Namun, penderita alergi ikan menunjukkan reaksi yang berbeda terhadap jenis ikan yang berbeda. Oleh karena itu, purifikasi dan karakterisasi parvalbumin pada berbagai spesies ikan penting untuk dilakukan sebagai upaya pengembangan teknologi deteksi alergi ikan. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan saturasi ammonium sulfat terbaik untuk purifikasi parvalbumin dan mengkarakterisasinya secara in silico. Parvalbumin dari ikan patin dan gurami mentah dan hasil pemasakan dimurnikan dan dikarakterisasi. Parvalbumin dimurnikan dengan metode presipitasi amonium sulfat (20-90% saturasi), kemudian diidentifikasi menggunakan metode SDS-PAGE. Sifat alergenisitas parvalbumin dari gurami dan patin dianalisis secara in silico. Identifikasi profil protein menunjukkan adanya 2 pita yang merepresentasikan parvalbumin dengan bobot molekul 11 dan 14 kDa. Pemurnian menggunakan amonium sulfat belum menghasilkan parvalbumin yang murni karena masih ditemukan adanya pita-pita protein lain yang cukup tebal. Namun, amonium sulfat dengan saturasi 80-90% menghasilkan profil yang terbaik pada proses pemurnian parvalbumin dari ikan mentah dan 90-100% untuk ikan yang dimasak. Hasil analisis bioinformatika menunjukkan adanya 7 sekuen parvalbumin untuk ikan patin, tetapi tidak ditemukan adanya sekuen parvalbumin untuk ikan gurami. Sekuen parvalbumin ikan patin dengan kode XP_026772003.1 memiliki kemiripan yang tinggi dengan parvalbumin dari spesies lain misalnya salmon dan tilapia yang terbukti alergenik. Hasil penelitian ini dapat menjadi dasar dalam karakterisasi parvalbumin lebih lanjut untuk mendukung adanya diagnosis yang lebih baik.

English

Parvalbumin is the main protein responsible for fish allergies. However, allergic sufferers show different reactions to different types of fish. Therefore, it is important to purify and character-ize parvalbumin from various fish species. In this study, parvalbumin from raw and cooked catfish and gourami fish was purified and characterized. Parvalbumin was purified using the ammonium sulfate precipitation method and identified using SDS-PAGE. The allergenic properties of parvalbumin from gourami and catfish were analyzed in silico. Protein profiling using SDS-PAGE showed the presence of two bands representing parvalbumin with molecu-lar weights ranging from 12-14 to kDa. Purification using ammonium sulfate did not result in pure parvalbumin because the other protein bands were still quite thick. However, ammonium sulfate at 80-90% saturation produced the best profile in the purification process of parvalbu-min from raw fish and 90-10% for cooked fish. Bioinformatics analysis showed seven parval-bumin sequences in catfish, but no parvalbumin sequences were found in gourami fish. One catfish parvalbumin sequence with the code XP_026772003.1, showed high similarity with parvalbumin from other species known to be allergenic. The results of this study can serve as a basis for further characterization of parvalbumin to support better diagnosis.

Keywords

• allergen
• ammonium sulphate
• bioinformatics
• in silico
• SDS-PAGE
• alergen
• amonium sulfat
• bioinformatika